晋宁博物馆的整体设计吸收借鉴当地的自然环境元素与人文历史元素展示出晋宁特有的人文风采与晋宁风貌。展馆内共有四层，三个常设展厅和一个临时展厅。一层序厅主要展示的是晋宁独具特色的“四大文化”：古滇文化、郑和文化、民俗文化和宗教文化。 常设展厅分别为“远古天地”展厅、滇文化展厅、郑和文化展厅，临时展厅用于专题性特色展览。晋宁博物馆的设计中综合考虑空间环境与表现需要，运用圆雕、浮雕、绘画等多种艺术表现方法，展现相关主题、传达出其思想与文化，再结合多种现代多媒体技术，达到多方位全方面的视觉效果呈现，给予参观者更多的视觉效果体验。